Veracyte
San Diego ou South San Francisco (hybride), ou remote (États-Unis) · Publiée le 27 octobre
Sr. Bioinformatics Scientist
Rémunération150 000 $ à 189 000 $ USD selon la localisation (San Diego : 160 000 $ à 180 000 $ ; South San Francisco : 175 000 $ à 189 000 $ ; remote US : 150 000 $ à 168 000 $), auxquels peuvent s'ajouter des primes discrétionnaires et des RSU
LieuSan Diego ou South San Francisco (hybride), ou remote (États-Unis)
Expérience6 à 7 ans minimum en analyse bioinformatique, développement d'algorithmes et mise en place de pipelines
NiveauDoctorat ou Master en bioinformatique, biologie computationnelle, data science ou domaine proche (biostatistique, statistiques, informatique)
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En bref
Poste de Bioinformatics Scientist senior au sein de l'équipe bioinformatique de Veracyte, dédiée au développement de tests génomiques diagnostiques réglementés (NGS, CAP/CLIA, IVD). Le poste porte sur la conception, la validation et l'industrialisation de pipelines d'analyse de données génomiques.
Missions
- Piloter les travaux de conception, développement et validation bioinformatique pour les produits en développement et sur le marché, en coordonnant planning, exécution et délais dans le budget alloué
- Développer des workflows scalables de niveau production pour l'analyse de données NGS à haut débit sur AWS et environnements conteneurisés
- Assurer le déploiement des pipelines en production avec les équipes infrastructure et ingénierie
- Garantir la conformité aux normes réglementaires (CAP/CLIA, FDA, IVDR) tout au long du cycle de développement, avec tests et documentation rigoureux
- Concevoir les études de développement et réaliser l'ensemble des analyses avec les équipes transverses
- Développer des techniques statistiques et de machine learning pour évaluer et optimiser les performances des tests
- Communiquer résultats, méthodes et conclusions scientifiques aux équipes internes, collaborateurs externes et parties prenantes
- Contribuer aux soumissions réglementaires et aux audits en fournissant documentation technique et rapports de validation
- Encadrer et conseiller scientifiquement les membres juniors de l'équipe
Profil recherché
- Solide expérience des technologies NGS et des méthodes de préparation de librairies (WGS, enrichissement, RNA-Seq, méthylation, etc.)
- Maîtrise de l'analyse quantitative du transcriptome (expression différentielle, réduction de dimension, classifieurs, signatures ARN, déconvolution cellulaire)
- Maîtrise du machine learning, du développement de méthodes et algorithmes bioinformatiques, et du benchmarking
- Expérience avérée du développement et déploiement de workflows sur AWS (EC2, S3, Step Functions, Batch, Lambda, etc.)
- Forte maîtrise de Python, incluant frameworks de tests et bonnes pratiques SDLC
- Collaboration étroite avec les équipes Qualité et Affaires réglementaires
- Leadership technique et scientifique démontré, autonomie et sens de l'initiative
Compétences appréciées
- Expérience de travail itératif avec des expérimentateurs en laboratoire humide
- Maîtrise de la génomique, de l'analyse de séquences et de l'analyse secondaire (appel de variants SNV, indels, CNV, variants structuraux, contrôle qualité NGS)
- Bonne compréhension des mécanismes de mutation germinale et somatique et des biomarqueurs génomiques (TMB, signatures mutationnelles, LOH)
- Connaissance pratique de R
- Expérience des bases de données relationnelles et non relationnelles (atout)
- Capacité à communiquer des sujets techniques complexes, notamment via visualisations de données et schémas
Ce que propose le poste
- Rémunération compétitive et avantages sociaux
- Opportunités de carrière dans une entreprise en croissance
- Environnement inclusif, certifié Great Place to Work 2024 aux États-Unis et en Israël
Source : Jobicy. Annonce nettoyée et résumée par CandidAI.